Die Berechnung des Zuchtindexwertes erfolgt mithilfe des statistischen Berechnungsverfahrens BLUP, wobei die Berechnungen pro Rasse vorgenommen werden. Für jedes Zuchttier wird ein Zuchtindexwert (Subindex) für jedes im
Zuchtziel zusammengefasstes Merkmal berechnet, das, aufgrund der zur Verfügung stehenden Information, die bestmögliche Schätzung für das genetische Niveau angibt.
Einige der im Zuchtziel zusammengefassten Merkmale sind miteinander verknüpft. Die Zunahme und der Muskelfleischanteil korrelieren genetisch negativ miteinander. D. h., dass Tiere, die ausschließlich nach einer höheren Zunahme selektiert werden, ein geringeres genetisches Niveau für den Magerfleischanteil zur Folge haben. Die Zunahme und die Futterverwertung sind ebenfalls genetisch korreliert, in diesem Fall allerdings positiv. Entsprechendes gilt für Futterverwertung versus Magerfleischanteil.
Dies wird bei der Indexberechnung ausgenutzt, indem man sich eines Multi-Trait-Modells (Mehrfach-Merkmal-Modell) bedient, bei dem man den Zuchtwert für die drei Merkmale in ein und demselben Modell berechnet. Dies hat große Bedeutung für die Berechnung des Subindexwertes für die Futterverwertung, da man hierdurch die Datengrundlage für die Subindexberechnung erheblich erweitert, indem man Informationen aus den in den Zuchtbetrieben vorgenommenen Messungen der Speckdicke und des Zuwachses in die Berechnung einbezieht.
Der Subindex wird als Abweichung vom Durchschnitt der Basispopulation angegeben. Die Basispopulation einer Rasse besteht aus allen aktiven (d. h. lebenden) nachkommengeprüften Zuchtsauen der Rasse, sowie aus nachkommengeprüften Sauen, die innerhalb der letzten sechs Monate ausgeschieden sind. Da sich die Basispopulation ständig verändert und ein zunehmend höheres genetisches Niveau erreicht, wird der Index für ein Tier automatisch mit zunehmendem Alter fallen.
