Die Zuchtarbeit soll den genetischen Zuwachs in jeder der reinrassigen Populationen (DanAvl Landrasse, DanAvl Yorkshire und DanAvl Duroc) sicherstellen, und findet dezentral in den 25 Zuchtbetrieben statt. Alle Tiere im Zuchtsystem sind mit einem Index verknüpft, der eine Einschätzung des genetischen Niveaus des Tieres darstellt. Die Züchter selektieren selbst die besten weiblichen Tiere im Bestand und setzen die besten Eber ein, die im System vorhanden sind, um die nächste reinrassige Generation an Zuchttieren zu produzieren.

Die besten Eber im System befinden sich in den KB-Stationen, in denen sie abgesamt werden und aus denen das Sperma an die Zuchtbetriebe verteilt wird. Das Sperma wird so verteilt, dass die Züchter alle gleichmäßig mit Sperma der Ebern bedacht werden. Um einen Anstieg der Inzucht zu begrenzen, gibt es eine Quote dafür, für wie viele Würfe eines Zuchtbebetriebs ein Eber Vater sein darf. Die Grenze für den jeweiligen Zuchtbetrieb ist abhängig von der Anzahl Vertragssauen (Rechte) im Bestand. Dadurch gibt es in der Praxis keinen großen Unterschied in der Eberverwendung in den jeweiligen Zuchtbetrieben.

Der Züchter selektiert die Sauen und Jungsauen aus dem eigenen Bestand, da es traditionell keinen Austausch von lebenden Tieren zwischen den Zuchtbetrieben gibt. Dadurch ist es die Fähigkeit, die Auswahl, die Deckung und die Würfe von den richtigen weiblichen Tieren zu treffen, herbeizuführen bzw. zu erhalten, die die einzelnen Zuchtbetriebe voneinander unterscheidet. Je besser die vom Züchter gelieferte Erprobungsinformation ist, umso sicherer ist die Indexberechnung für die Einschätzung des Zuchtwertes des Zuchttieres. 

Das Kompetenzzentrum wählt anhand der Indexberechnung die besten Eber aus, die dann in den KB-Stationen eingesetzt werden. Die Eber kommen entweder von der Versuchsstation Bøgildgård oder direkt von den Zuchtbetrieben. Dadurch wird sichergestellt, dass alle Zuchtbetriebe Zugang zu den besten Ebern bekommen, was notwendig ist, um einen großen Zuchtfortschritt im System zu gewährleisten. Die Züchter betreiben einen internen Wettbewerb, um so viele Eber wie möglich in die KB-Stationen zu bekommen, da ein KB-Eber ein großes Verdienstpotenzial birgt. Damit ist das Zuchtsystem so aufgebaut, dass die Züchter ständig einen Anreiz haben, Tiere mit einem möglichst hohen Index zu selektieren. Um sich miteinander messen zu können, verwenden die Züchter die sogenannte "Zucht-Hitliste", die eine Rangliste der Zuchtbetriebe nach deren genetischem Niveau ist.

Die Abbildung zeigt den Fluss der Gene im dänischen Zuchtsystem.